白色至淺棕黃色無定形粉末，有一定吸濕性或為液體。溶于水和甘油，水溶液無色至淡黃色，有時呈乳白色，幾乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等有機溶劑。瓜蛋白酶，是一種蛋白水解酶，可將抗體分子水解為3個片段。是番木瓜中含有的一種低特異性蛋白水解酶，活性中心含半胱氨酸，屬巰基蛋白酶，應用于啤酒及食品工業。
木瓜蛋白酶papain屬巰基蛋白酶，具有較寬的底物特異性，作用于蛋白質中L-精氨酸、L-賴氨酸、甘氨酸和L-瓜氨酸殘基羧基參與形成的肽鍵。此酶屬內肽酶，能切開全蛋蛋白質分子內部肽鏈—CO—NH—生成分子量較小的多肽類。 存在于木瓜胚乳中的蛋白酶。EC3．4．22．2。作為植物來源的蛋白酶來說，此酶研究進展的最快。此酶主要是以內肽酶的形態起作用。活性的產生，而半胱氨酸殘基是不可缺少的，所以是硫基蛋白酶的一種，底物的特異性不太嚴格，分子量為23400，氨基酸殘基數212。 　　
木瓜蛋白酶是一種在酸性、中性、堿性環境下均能分解蛋白質的蛋白酶。它的外觀為白色至淺黃色的粉末，微有吸濕性。 　　
酪蛋白被木瓜蛋白酶降解生成的酪氨酸在紫外光區 275nm 處有吸收峰。 　　
木瓜蛋白酶（Papain）簡稱木瓜酶，又稱為木瓜酵素。是利用未成熟的番木瓜（Carica papaya）果實中的乳汁，采用現代生物工程技術提煉而成的純天然生物酶制品。它是一種含疏基(-SH)肽鏈內切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有較廣泛的特異性，對動植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有較強的水解能力，同時，還具有合成功能，能把蛋白水解物合成為類蛋白質。溶于水和甘油，水溶液無色或淡黃色，有時呈乳白色；幾乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等有機溶劑。最適合PH值6～7(一般3～9.5皆可)，在中性或偏酸性時亦有作用，等電點（pI)為8.75；最適合溫度55～65℃(一般10～85℃皆可)，耐熱性強，在90℃時也不會完全失活；受氧化劑抑制，還原性物質激活。
食品工業應用：
可利用酶促反應，使食品大分子的蛋白質水解成小分子肽或氨基酸。用于水解動植物蛋白、制成嫩肉粉、水解羊胎素、水解大豆、餅干松化劑、面條穩定劑、啤酒飲料澄清劑、高級口服液、保健食品、醬油釀造及酒類發酵劑等。有效轉化蛋白質的利用，大大提高食品營養價值，降低成本。有利于人體的消化和吸收。用途：酶制劑。